- Giám đốc Sở là người đứng đầu Sở, làm việc theo chế độ thủ trưởng, bảo đảm nguyên tắc tập trung dân chủ. Giám đốc Sở là người quyết định chỉ đạo và điều hành toàn diện các mặt hoạt động của Sở; chịu trách nhiệm trước Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh và trước pháp luật về toàn bộ hoạt động của Sở; chịu trách nhiệm báo cáo công tác trước Hội đồng nhân dân tỉnh, UBND tỉnh và Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.

  - Chịu trách nhiệm trước Ủy ban nhân dân tỉnh về chất lượng, nội dung các văn bản quy phạm pháp luật do Sở Nông nghiệp và PTNT soạn thảo, về chỉ đạo thực hiện chiến lược, quy hoạch phát triển, chương trình sau khi được Chủ tịch UBND tỉnh phê duyệt; đồng thời chịu trách nhiệm về hiệu quả thực hiện các chương trình, đề án của Sở.

  - Trực tiếp giữ các chức vụ: Chủ tịch Hội đồng hương, Hội đồng Thi đua khen thưởng, Hội đồng kỷ luật, chủ các tài khoản có nguồn kinh phí từ ngân sách. Trong một số trường hợp cụ thể Giám đốc Sở có thể ủy quyền cho các Phó Giám đốc làm chủ tài khoản đối với phần việc được phân công;

  - Trực tiếp chỉ đạo điều hành công tác tổ chức cán bộ, quy hoạch, kế hoạch, tài chính và đầu tư; Giám đốc sở chịu trách nhiệm về đối nội, đối ngoại, là người phát ngôn chính thức của ngành.

  - Theo dõi, nắm bắt về lĩnh vực nông nghiệp và PTNT của TP Biên Hòa và Thị xã Long Khánh

  - Chủ trì các cuộc họp của Ban Giám đóc, họp giao ban công tác, kết luận các vấn đề thảo luận trong cuộc họp và các vấn đề chưa thông nhất giữa các thành viên trong Ban Giám đốc Sở.

  - Đại diện Ban Giám đốc Sở giải quyết các vấn đề có liên quan trong hệ thống chính trị của cơ quan như: Đảng bộ Sở, Công đoàn ngành, Hội Cựu chiến binh ngàng ( theo Quy chế phối hợp đã ký).

     Giúp việc cho Giám đốc Sở, được Giám đốc Sở  phân công phụ trách một số lĩnh vực và chịu trách nhiệm trước Giám đốc Sở và trước phát luật về phần việc được phân công phụ trách. Được sử dụng quyền hạn của Giám đốc Sở để giải quyết tất cả các công việc thuộc lĩnh vực được phân công.

  * Phó Giám đốc Sở, phụ trách công tác nông nghiệp

  - Phụ trách quản lý lĩnh vực giống cây trồng, vật nuôi, phân bón, thức ăn, chăn nuôi, thuốc bảo vệ thực vật, thuốc thú y và các vật tư khác phục vụ sản xuất nông nghiệp. Chỉ đạo điều hành Chương trình phát triển cây trồng, vật nuôi chủ lực; phát triển sản xuất rau an toàn, chế biến nông sản, chương trình ứng dụng công nghệ cao, vệ sinh an toàn thực phẩm. Thường trực Ban chỉ đạo phòng, chống dịch bệnh cây trồng, vật nuôi trong sản xuất nông, lâm và thủy sản theo quy định của tỉnh.

  * Phó Giám đốc phụ trách công tác thủy lợi

  - Phụ trách công tác thủy lợi, chương trình nước sạch và vệ sinh môi trường nông thôn, phòng chống lụt bão và hạn hán. Chỉ đạo điều hành các chương trình: xây dựng và quản lý, khai thác công trình thủy lợi, kiên cố hóa kênh mương, nước sạch và vệ sinh môi trường nông thôn. Thường trực Ban Chỉ huy phòng chống lụt bão, tìm kiếm cứu nạn, khắc phục hậu quả thiên tai về bão, lũ, lụt, sạt, lở, hạn hán, úng ngập, chua phèn của Sở  và tỉnh.

  
  * Phó Giám đốc phụ trách Thanh tra và phát triển nông thôn

  - Phụ trách công tác thanh tra, thủy sản, kinh tế hợp tác, kinh tế trang trại và phát triển nông thôn. Chỉ đạo điều hành các chương trình: phát triển nông thôn và các vùng đồng bào dân tộc, các xã đặc biệt khó khăn, chương trình cơ giới hóa nông nghiệp, phiast triển thủy sản, phát triển chế biến đối với các ngành và lĩnh vực cơ điện, ngành nghề, làng nghề nông thôn, bảo quản sau thu hoạch; phát triển kinh tế tập thể, kinh tế trang trại, mô hình phát triển nông thôn.

  
  * Phó Giám đốc Sở phụ trách công tác lâm nghiệp

  - Phụ trách các chương trình về lâm nghiệp; bảo vệ và phát triển rừng, chế biến lâm sản; các chương trình khoa học – kỹ thuật về lâm nghiệp. Phụ trách các chương trình hợp tác của ngành với các đơn vị, tổ chức trong và ngoài nước. Tham gia là thanh viên thường trực Ban Chỉ đạo về các vấn đề cấp bách trong bảo vệ và phòng cháy, chữa cháy rừng theo quy định của tỉnh.

  - Chịu trách nhiệm theo dõi lĩnh vực nông nghiệp và phát triển nông thôn các huyện Long Thành, Nhơn Trạch.

Ngoài các nội dung được phân công theo dõi, các Phó Giám đốc còn tham gia các ban và thực hiện các nhiệm vụ khác theo sự phân công của Giám đốc Sở. Trường hợp cần thiết phải xử lý gấp công việc quan trọng, Giám đốc Sở có thể tham gia trực tiếp để chỉ đạo và điều hành giải quyết các phần việc đã phân công công cho Phó Giám đốc.

  - Phó giám đốc được giao phụ trách lĩnh vực đi vắng dài ngày thì Giám đốc sở phân công cho các các Phó Giám đốc phụ trách đảm nhiệm công việc hoặc Giám đốc trực tiếp xử lý, điều hành phần việc của Phó Giám đốc đi vắng.​